Plusieurs gènes interviennent dans la transmission héréditaire de ce caractère. En outre, la couleur des yeux d'un enfant dépend de la combinaison de gènes que lui ont transmis ses parents. Le gène bey2 possède des allèles pour les yeux bruns et bleus, alors que le gène gey en possède pour les yeux verts et bleus. Mais l'allèle brun est dominant par rapport à l'allèle vert, qui pour sa part est dominant par rapport à l'allèle bleu. D'autres gènes encore décident des différentes nuances de ces couleurs.