Ein Restriktionsenzym schneidet den DNA-Doppelstrang an bestimmten Stellen. Restriktionsenzyme werden häufig als "molekulare Scheren" bezeichnet. Es gibt viele verschiedene Restriktionsenzyme, welche die DNA an unterschiedlichen Sequenzen auf verschiedene Arten schneiden können. Manche von ihnen schneiden die DNA, indem sie ‚glatte Enden’ (engl. blunt ends) hinterlassen, andere hinterlassen ‚überhängende Enden’ (sticky ends).
Ein von Forschern in Experimenten oft verwendetes Restriktionsenzym heisst Eco RI. Es stammt aus dem Bakterium Escherichia coli (kurz: E. coli). Es erkennt und schneidet die Sequenz GAATTC, wobei es überhängende Enden hinterlässt. Auf diese Weise geschnittene DNA-Stücke können relativ einfach wieder miteinander verknüpft werden.